Keanekaragaman mikroorganisme yang
terdeteksi di rongga mulut lebih besar dibandingkan di lokasi lain di tubuh
manusia. Lebih dari 700 filotipe bakteri telah ditemukan di rongga mulut, dan
diperkirakan setiap individu memiliki sekitar 100-200 filotipe. Kehadiran
mikroorganisme pada jaringan keras dan lunak rongga mulut sebenarnya
menunjukkan kondisi yang sehat. Namun, ketidakseimbangan ekosistem pada rongga
mulut dapat menyebabkan penyakit. Patologi mikroba utama dalam rongga mulut
adalah karies gigi dan periodontitis. Karies gigi mengacu pada kerusakan gigi
yang disebabkan oleh asam dari metabolisme bakteri gula makanan. Penyakit
periodontal melibatkan kerusakan pada jaringan pendukung gigi yang sebagian
besar disebabkan oleh respons imun yang tidak tepat terhadap bakteri
proteolitik anaerobik dalam biofilm di subgingiva